Ordynacja podatkowa nie przewiduje dla zlikwidowanej spółki z o.o. żadnej formy następstwa prawnego. Na próżno doszukiwać się możliwości takiego następstwa np. w rozdziale 14 działu III o.p. (art. 93-106) czy w art. 116 o.p. (wskazującym jedynie na odpowiedzialność członków zarządu spółki z o.o.). W przypadku wykreślenia z rejestru osoby prawnej nie jest ona już podatnikiem i nie przysługuje jej uprawnienie do żądania zwrotu VAT.

Organy podatkowe i sądy konsekwentnie uznają, że likwidacja spółki handlowej oznacza, że postępowanie podatkowe należy umorzyć. Bywa to niekorzystne dla podatnika, szczególnie wtedy gdy prowadzi spór z organem podatkowym.

W wyroku z 25 lutego 2010 r. (II FSK 1635/08) NSA odniósł się do sytuacji spółki z o.o. zlikwidowanej w trakcie postępowania podatkowego. Podatnik nie zgodził się z decyzjami urzędu kontroli skarbowej określający mi wysokość zobowiązania podatkowego. Niestety spółka w trakcie postępowania odwoławczego została zlikwidowana (wykreślona z rejestru). Sąd stwierdził, że likwidacja spółki z o.o. powoduje, że traci ona podmiotowość podatkowo-prawną, co skutkuje tym że traci ona również zdolność procesową do bycia stroną w postępowaniu podatkowym, prowadzonym na podstawie ordynacji podatkowej. W tej sytuacji nie może toczyć się postępowanie podatkowe ani też nie może być wydana wobec tego podmiotu decyzja określająca zobowiązanie podatkowe. Zdaniem NSA gdy prawa i obowiązki będące przedmiotem decyzji są ściśle związane z danym podmiotem (mają charakter osobisty), postępowanie jako bezprzedmiotowe podlega umorzeniu na podstawie art. 208 o.p..

W tym miejscu należy odwołać się do art. 31 ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej, który przez postępowanie kontrolne rozumie postępowanie podatkowe, o którym mowa w dziale IV ordynacji podatkowej. Dlatego wszystkie uwagi dotyczące postępowania podatkowego będą się odnosić również do postępowania kontrolnego prowadzonego przez organy kontroli skarbowej.

Opisane okoliczności powodują, że pełnomocnicy mają dylemat, czy doradzić wspólnikom, by zlikwidowali zadłużoną spółkę z problemami, czy też nie. Spółka taka często nie prowadzi już działalności operacyjnej, a narażona jest na kolejne kontrole różnych instytucji. Ponadto samo jej istnienie umożliwia organom egzekucyjnym stosowanie środków egzekucyjnych i przerwanie biegu przedawnienia zobowiązań publicznoprawnych. Tymczasem okres przedawnienia zobowiązań podatkowych jest krótki – pięć lat od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Jeśli jednak toczą się wobec spółki postępowania podatkowe i sądowo-administracyjne, to zlikwidowanie podatnika będzie oznaczać wydanie decyzji o umorzeniu postępowania, np. odwoławczego. W konsekwencji może dojść do uprawomocnienia się decyzji podatkowej.

Artykuł 281 o.p. zawiera jedynie regulacje odnoszące się do kontroli podatkowej następców prawnych, płatników, inkasentów i podatników. Niema w tym przepisie zlikwidowanych podatników czy też osób trzecich, takich jak byli wspólnicy zlikwidowanych spółek.

Po wykreśleniu spółki z rejestru sądowego nie ma już organu spółki, któremu można doręczyć postanowienie o wszczęciu kontroli. Nie ma adresu, pod który można doręczyć pismo sporządzone np. przez urząd skarbowy. Organ podatkowy nie może zatem prowadzić kontroli ani też czynności sprawdzających. Nie może również wydać decyzji, której adresatem jest zlikwidowany podmiot. Powinien zatem odstąpić kontroli, gdy tylko otrzyma informację o likwidacji spółki. Jeśli kontrola została wszczęta i w jej trakcie nastąpiło wykreślenie spółki z Krajowego Rejestru Sądowego, to organ podatkowy powinien wydać postanowienie o zakończeniu kontroli.

Nie jest również możliwe prowadzenie –czynności sprawdzających wobec zlikwidowanej spółki. W przypadku, gdy urząd kontroli skarbowej prowadzi postępowanie kontrolne i w jego trakcie nastąpi likwidacja podatnika, takie postępowanie staje się bezprzedmiotowe.