W kontekście ustalenia konsekwencji podatkowych ujawnienia różnego typu niedoborów magazynowych pomocne okazuje się orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, w szczególności wyrok w sprawie Ghent Coal (wyrok z 15 stycznia 1998 r. w sprawie C-37/95 Belgische Staat vs. Ghent Coal Terminal NV). W wyroku tym TSUE odwołał się do zasady neutralności VAT, stwierdzając, że pod pewnymi warunkami w przypadku ujawnienia niedoborów ilościowych podatnik może zachować prawo do odliczenia podatku. Zdaniem Trybunału sytuacja taka jest możliwa, gdy podatnik nabył towary z zamiarem ich wykorzystania do prowadzenia działalności opodatkowanej, ale z powodów pozostających poza jego kontrolą nie zostały one w taki sposób wykorzystane. Innymi słowy, kluczową kwestią dla oceny zachowania prawa do odliczenia jest to, czy niedobór powstał poza kontrolą podatnika, czy też podatnik był w stanie mu zapobiec. W tym kontekście, w związku z orzecznictwem TSUE, w praktyce polskich organów podatkowych wykształcił się podział na tak zwane niedobory niezawinione i zawinione.
Niedobory niezawinione to takie, które powstały pomimo dochowania należytej staranności. W praktyce organów podatkowych często można się spotkać z tezą, że niedobory takie powstają w wyniku zdarzeń, na które osoba materialnie odpowiedzialna za towar nie miała wpływu. Przykładem są pożary, kradzieże, zalania. Zgodnie z podejściem organów podatkowych, jeśli ujawniony niedobór ma charakter niezawiniony, to podatnik nie jest zobowiązany do korekty podatku naliczonego. Z uwagi na taką praktykę uznanie niedoborów za niezawinione jest rozwiązaniem bardziej pożądanym.

Należy jednak podkreślić, że zarówno polskie organy podatkowe, jak i sądy administracyjne podchodzą do kwestii uznawania niedoborów magazynowych za niezawinione w sposób bardzo restrykcyjny. Przykładem takiego podejścia jest m.in. niedawny wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Kielcach (wyrok z 27 lutego 2014 r., I SA/Ke 48/1 A), w którym skład orzekający wprost stwierdził, że „(…) wyjaśnianie i rozliczanie różnic inwentaryzacyjnych nie może polegać tylko na samym sporządzeniu protokołu z inwentaryzacji, stwierdzającym braki w towarach i ogólnikowym podaniu przyczyn niedoborów, ale ma wskazywać konkretne przyczyny braku towarów i osoby odpowiedzialne za ich powstanie bądź konkretne czynności, jakie zostały podjęte w celu przypisania odpowiedzialności za braki wskazanym z imienia i nazwiska osobom (…)”. W związku z tym, że podatnik w odniesieniu do części ujawnionych niedoborów nie przedstawił dokumentów, które jednoznacznie wyjaśniałyby przyczyny ich powstania, w ocenie WSA organ podatkowy miał prawo uznać, że niedobory te mają charakter zawiniony. W konsekwencji skład orzekający potwierdził konieczność skorygowania przez podatnika kwoty podatku naliczonego.

Praktyczną konsekwencją zastosowania tak restrykcyjnego podejścia jest konieczność bardzo dokładnego wyjaśniania przyczyn powstania niedoboru. Podatnik nie tylko powinien dochować pełnej staranności przy przechowywaniu i obchodzeniu się z towarem, ale także w przypadku ujawnienia niedoboru powinien przeprowadzić pełne postępowanie zmierzające do wyjaśnienia przyczyn jego powstania oraz ustalenia osób za niego odpowiedzialnych.

Więcej w Rzeczpospolitej z 18 lipca 2014 r.