Nabywca ma prawo odliczyć podatek naliczony w rozliczeniu za okres, w którym otrzymał fakturę korygującą. Z kolei w przypadku faktur korygujących za tzw. media nabywca ma prawo odliczyć podatek naliczony w rozliczeniu za okres, w którym przypada termin płatności.

Jeśli chodzi o sposób rozliczania faktur korygujących na minus, obowiązuje ogólna zasada, zgodnie z którą nabywca otrzymujący taką fakturę jest zobowiązany do zmniejszenia kwoty podatku naliczonego w rozliczeniu za okres, w którym taką korektę otrzymał. Nie ma przy tym znaczenia, jakich usług/towarów dotyczy dana faktura korygująca.

Gdyby jednak podatnik nie odliczył podatku naliczonego z faktury pierwotnej, która następnie została skorygowana, zmniejszenie kwoty podatku naliczonego uwzględnia się w rozliczeniu za okres, w którym podatnik dokonuje tego obniżenia. W praktyce oznacza to, że jeśli podatnik otrzyma fakturę korygującą, zanim jeszcze rozliczył fakturę pierwotną, czeka z rozliczeniem faktury korygującej. W takim wypadku faktura korygująca rozliczana jest w tym samym miesiącu co faktura pierwotna.

Może się też zdarzyć, że podatnik otrzymujący fakturę korygującą na minus nie odliczył jeszcze podatku naliczonego z faktury pierwotnej, ale ma do tego prawo wyłącznie przez korekty deklaracji. Sytuacja taka może wystąpić, gdy upłynęły już terminy na złożenie deklaracji, w których podatnik mógł dokonać tego odliczenia. W takim wypadku, aby skorzystać z prawa do odliczenia, musi skorygować deklaracje za okresy, w których wystąpiło prawo do odliczenia, nie później jednak niż w ciągu pięciu lat, licząc od początku roku, w którym wystąpiło prawo do odliczenia. W praktyce podatnik może więc odliczyć naliczony VAT przez skorygowanie deklaracji za okres, w którym otrzymał fakturę pierwotną lub upłynął termin płatności.