Sąd przesądził na razie tylko kwestię samego opodatkowania tego typu nieodpłatnych świadczeń – nie wskazał jednak, w jaki sposób wyliczyć podstawę opodatkowania dla każdego pracownika mającego możliwość skorzystania z pakietu medycznego. NSA zdawał sobie sprawę z problematyczności tego zagadnienia, jednak zauważył, że kwestia sposobu obliczania wartości nieodpłatnego świadczenia z tytułu otrzymania pakietu medycznego nie mogła być rozważona w uchwale, bo nie została objęta pytaniem prawnym. W tym zakresie możemy się zatem w przyszłości spodziewać kolejnej uchwały NSA.

To właśnie ten aspekt wyliczenia podstawy opodatkowania może stać na przeszkodzie realizacji uchwały i w praktyce może skutkować niemożnością opodatkowania dodatkowego świadczenia medycznego.

W części przypadków umowy podpisywane pomiędzy pracodawcami a placówkami medycznymi skonstruowane są w ten sposób, że nie określają dokładnie liczby pracowników mogących korzystać z dodatkowych świadczeń. Strony mogą się tutaj posługiwać np. tzw. widełkami bądź też określać jedynie górną granicę uprawnionych do skorzystania, której przekroczenie spowoduje konieczność dopłaty.

Część umów może nie posługiwać się w ogóle wynagrodzeniem ryczałtowym i przewidywać wprost, że wartość pakietu medycznego przypadającego na każdego pracownika jest określona kwotowo bądź będzie dawała się łatwo wyliczyć. Do takich najmniej – jak się wydaje – problematycznych przypadków z pewnością uchwała NSA znajdzie zastosowanie.