W zawiadomieniu o zamiarze wszczęcia danej kontroli organ podatkowy zobowiązany jest dokładnie określić jej zakres, czyli wskazać, jakiego podatku oraz jakiego okresu rozliczeniowego będzie ona dotyczyć. W trakcie przeprowadzania czynności kontrolnych, urzędnicy nie mogą zażądać dokumentów niezwiązanych z zakresem kontroli wskazanym w zawiadomieniu.

W niektórych przypadkach organy podatkowe mogą rozpocząć kontrolę bez zawiadomienia. Dzieje się tak np., jeżeli kontrola dotyczy zasadności zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego w rozumieniu przepisów o VAT bądź niezgłoszonej do opodatkowania działalności gospodarczej.

Okres między doręczeniem zawiadomienia o zamiarze przeprowadzenia kontroli a datą jej rozpoczęcia jest czasem, który przedsiębiorca powinien wykorzystać na przygotowanie się.

Przede wszystkim warto zadbać o wyznaczenie konkretnej osoby upoważnionej do reprezentowania podatnika w zakresie kontroli podatkowej. Ustanowienie  pełnomocnika wymaga zachowania formy pisemnej oraz zgłoszenia do właściwego naczelnika urzędu skarbowego.

Warto również przejrzeć i skompletować dokumentację dotyczącą zakresu planowanej kontroli. A zatem warto sprawdzić, czy dysponujemy kopiami wszystkich deklaracji, posiadamy faktury i inne dokumenty dotyczące okresu, za który prowadzona będzie kontrola.

Należy przygotować polskie wersje najważniejszych dokumentów obcojęzycznych dotyczących kontrolowanego obszaru. To przedsiębiorca musi bowiem zadbać o przetłumaczenie sporządzonej w języku obcym dokumentacji.

Dodatkowo warto zadbać o zapewnienie kontrolującym osobnego pomieszczenia w firmie.